En 1877 un terremoto seguido de maremoto (estimado en 8,8 grados en la escala de Richter en mediciones posteriores) arrasó la costa boliviana devastando ese territorio. Por si esto fuera poco, en 1878 una terrible sequía asoló importantes sectores del territorio boliviano. Como consecuencia de estos desastres naturales, el Gobierno de Bolivia solicitó a la empresa anglo-chilena Compañía de Salitres y Ferrocarril de Antofagasta el pago de 10 centavos por cada quintal de salitre exportado, a fin de generar recursos ante las catástrofes naturales que habían afectado a la región.
Esta solicitud suscitó un reclamo por parte del Gobierno de Chile antes que la Compañía acudiera a los tribunales bolivianos correspondientes. Por su parte, el Gobierno boliviano manifestó su disposición de someter esta controversia al arbitraje establecido por el Protocolo Complementario de 1875. Hacia 1885 Cobija sólo tenía 429 habitantes y en 1907 el poblado fue definitivamente abandonado