En el territorio de la actual Caraparí se fundaron las “Misiones” a cargo de sacerdotes Jesuitas quienes fueron sustituidos por misioneros de la orden de San Francisco para evangelizar a las tribus originarias y abrir el camino hacia la colonización del Chaco Boreal. Caraparí, fue jurisdicción de San Ramón de la Nueva Orán (Salta) y asiento del ejército argentino en el año 1789.
El Sargento My. Inocencio de Acosta, era la autoridad militar. La Villa de San José de Caraparí, capital de la Segunda Sección de la Provincia Gran Chaco del Departamento de Tarija, fue fundada el 20 de agosto de 1658 por el misionero de la orden jesuita Pedro Lozano, en cumplimiento de una disposición librada por el Cap. Español Luís de Fuentes y Vargas, fundador de la Villa de San Bernardo de la Frontera de Tarixa, actual ciudad de Tarija.
Registros escritos por Manuel Mingo de la Concepción, Julián de Lizardi, Alejandro Corrado, José Pons, Ignacio Chomé, Miguel de Valdolivas, Joseph de Arce, Pedro Lozano, Antonio Comajuncosa, referidos a las misiones de colonización del Chaco que partieron de la Villa de San Bernardo de la Frontera de Tarixa hacia el valle de Salinas, para arribar al Valle de Arriba o Villa de San Carlos, luego Villa de San Luis de Francia, actual Entre Ríos, (capital de la provincia O´Connor), señalan que avanzaron hasta Chiquiacá para llegar a la actual comunidad de Suaruro.
Desde allí atravesaron la serranía conocida actualmente como Tapecúa por la senda hacia Alto los Zarzos y descender por la vertiente del río Itaú hasta la altura de Los Ranchos donde perecen algunos a manos de los Tembetas que poblaban esa zona. Fundaron Itaú en 1642 y continuaron el recorrido por Ñacaguasu a las faldas del cerro Santa Rosa, siguiendo hacia el sur para establecerse en un caserío denominado “El Raso”, realizando incursiones hacia el valle carapareño, siendo resistidos y en algunos casos masacrados por los temibles Chiriguanos asentados a orillas de la quebrada Santa Rosa y del Caraparí.
En la época Republicana, la creación de esta comunidad registra dos versiones; la primera creada por Mención Legal del 19 de octubre de 1880 durante el Gobierno del Presidente Narciso Campero y posteriormente por Ley de la República del 15 de noviembre de 1912 en el gobierno del Gral. Eliodoro Villazón, que crea la Segunda Sección Municipal de la provincia Gran Chaco con su capital la Villa de Caraparí.