En 1899 el sacerdote inglés Kenelm Vaughan, inicio en la villa de Tarija, las labores de identificación del sitio donde habían sido sepultados los restos del P. Lizardi. Sus primeras consultas fueron con el Padre Guardián, el Cura Don José Félix Castrillo, el Prefecto Don Sebastián Cainzo y varias personas, quienes manifestaron desconocer en sitio. El registro histórico escrito por el padre Lozano, sobre la vida del mártir dice que: “Se depositó al lado del evangelio debajo de la credencia del altar mayor, en lugar separado”.
A partir del escrito del P. Lozano, Vaughan recorrió todos los rincones de la Iglesia Matriz, la sacristía y el subterráneo de la iglesia a indicación de Rufino Tejerina, antiguo y fiel sacristán, descubriéndose las tumbas de los misioneros y sus huesos esparcidos sin orden ni respeto, encontrándose debajo del altar mayor escombros y una tablita carcomida y vieja cuyo texto en letras toscamente labradas registraba esta inscripción: “HIC JACET CORPUS VENERABILIS MARTYRIS JULIANI DE LIZARDI, SOCIETATIS NOSTRAE QUI OB EVANGELII PREDICATIONEM ET FIDEI DEFENSIONEM DUM SACRIS OPERARETUR A BARBARIS CHIRIGUANIS COM PREHENSUS SAGITTIS QUE CONFUSSUS, ORBIIT DIE 17 MAII ANNI 1735”. Este hallazgo se registró el 3 de marzo de 1849.
Don Eusebio Lema, Presidente del Consejo Municipal confirmó a Vaughan la existencia de la tabla que señalaba el sitio en la Sacristía, procediéndose a la excavación del muro y hallándose un cajón que media tres pies y cinco pulgadas de largo por dos pies de hondo y dos pies de anchura, cuyo contenido fue examinado delante del Prefecto de Tarija, Sebastián Cainzo el Cura José Felix Castrillo, Fray Alejandro Román, Guardián del convento de San Francisco y demás autoridades eclesiásticas y civiles del pueblo. El cajón era de cedro, cubierto con bayeta roja, rodeada con cinta de seda, clavada con tachuelas de bronce y asegurada con lacre, sellado con el escudo de los Hijos de San Ignacio de Loyola.
El carpintero don Francisco Lescano, fue el encargado de abrir el cajón encontrándose lo que fue una rama de palma, símbolo del martirio, sobre los restos óseos de la rodilla derecha un pedazo de cuero de buey, que como la tradición cuenta, el Padre Julián llevaba en vida como cilicio y fue sepultado con el, de donde se dedujo que aquellos restos pertenecían al mismo cuerpo que con tanto afán buscaba. La prueba más positiva y decisiva, fue el documento que contenía en letras antiguas: ”Este es el cuerpo del venerable Padre Julián Lizardi, que murió a manos de los indios Chiriguanos el día 17 de mayo de 1735”.
Grande fue el gozo de los tarijeños, que se echaron las campanas a vuelo y se hicieron expresiones festivas con centenares de personas que encontraron a la sacristía de la Iglesia Mayor para contemplar el cuerpo del mártir.
Quisieron venerarlo con tal empeño, que el cura párroco tuvo que cerrar las puertas de la iglesia para impedir que la gente devota rindiese el culto que la iglesia no permite sin previa beatificación. Quedando así manifiesto que el cuerpo hallado era del venerable Julián de Lizardi, el señor cura lo depósito de nuevo en el hueco del muro del santuario, poniendo encima para indicar el lugar, este rotulo: “Aquí descansa el cuerpo del venerable mártir Padre Julián Lizardi, que habiendo sido prendido por los barbaros chiriguanos al celebrar la santa misa y martirizado a flechazos, murió el día 17 de mayo de 1735”.
En memoria de este sacrificado sacerdote jesuita el Gobierno Municipal de la ciudad de Tarija, nominó con su nombre a la plazuela que se encuentra contigua al Coliseo Deportivo y frente a la Iglesia Catedral de nuestra ciudad.
En 1717 el P. Francisco Guevara fundó la reducción de Concepción en el Valle de Salinas – actual Entre Ríos Prov. O´Connor – que en la rebelión chiriguana de 1727 fue destruida y las otras reducciones abandonadas. El Presidente de la Audiencia de Charcas, Francisco de Herboso, atacó a los chiriguanos desde Tomina, Tarija y Santa Cruz en 1728 y 1729. A requerimiento del Gobernador de Santa Cruz, Herboso ordenó al Superior de las Misiones de Chiquitos, P. Jaime de Aguilar, poner a su disposición 200 chiquitanos. En la expedición punitiva de 1728 acompañaron a los chiquitanos el P. Aguilar y el P. Francisco Sardín. En la de 1729 fueron como capellanes de los chiquitanos los P.P. Bartolomé de Mora e Ignacio de La Mata. El P. Mora escribió una relación sobre esta campaña. Lu lucha fue en el actual territorio de Tarija. La insistencia del Virrey del Perú y del Presidente de la Audiencia de Charcas obligó a los jesuitas a probar de nuevo, contra toda esperanza el territorio chiriguano.
Sólo al P. Pons continuó trabajando en el Valle de Salinas, hombre excepcional, pudo quedarse al haberse adaptado a la mentalidad chiriguana. Después de acompañar durante varios años a los grupos errantes, en 1750 estableció una pequeña misión, que también se llamó Rosario, con 50 chiriguanos y 25 matacos. Dejando de lado los métodos tradicionales, Pons no estableció horario alguno, permitiendo a los chiriguanos rezar o no rezar, cazar, pescar o descansar a su aire. Y a pesar de la tradicional hostilidad entre chiriguanos y matacos, el pueblo no sólo no se disolvió, sino que continuó creciendo. Muerto Pons en 1761, sus sucesores jesuitas siguieron fielmente sus métodos. Seis años después, Rosario contaba con 268 chiriguanos y 56 matacos.