Las Misiones de San Francisco Solano y San Antonio de Padua, a cargo de sacerdotes franciscanos plantaron una cruz donde se erigió la iglesia dedicada a San Francisco Solano. La “Misión de San Francisco Solano” fue fundada por el Rvdo. Alejandro Corrado, con misa cantada por el Padre Prefecto de los Misioneros de Tarija y la solemne erección de la cruz, emblema de la fe católica y con indios noctenes.
Los cuarenta años entre 1866 hasta 1906 fue una época de intensa actividad misionera y colonizadora para convertir a las tribus salvajes originarias a la religión católica en esa vasta región desde Macharetí hasta Aguairenda como eje central el río Pilcomayo. Esta labor fue un eslabón más en la cadena de Misiones Franciscanas a lo largo de las poblaciones chiriguanas y una puerta abierta de penetración y ocupación del Chaco Boreal
Estas dos misiones fueron constituidas con elementos de las tribus chiriguanas, tobas y noctenes. Documentos de la época señalan que se contaba con el exiguo número de 4.811 indios en las misiones desde Macharetí hasta el Pilcomayo. A principios de ese siglo funcionaba en la Misión de San Antonio una escuela de niños y otra de niñas, al igual que en la Misión de San Francisco. Con suerte alterna y muchos sacrificios los franciscanos de Tarija procuraron mantener y desarrollar las dos Misiones de San Francisco Solano y San Antonio de Padua como puerta abierta hacia el Chaco desconocido, como esperanza de conquista de las numerosas tribus salvajes. Una tras otra llegaron a la región del Pilcomayo las expediciones de exploradores y militares tratando de abrir el camino hacia el Paraguay y afirmar la soberanía de Bolivia con la construcción de fortines y establecimientos de colonias. Nombres y fechas forman parte de la historia de Bolivia, entre estos Rivas, Crevaux, Thouar, Campos y muchos otros. Tres religiosos registran también sus nombres en la historia de la exploración y conquista del Pilcomayo: el Rdo. P. José Gianelli y el Rdo. P. Doroteo Giannecchini, como actores directos, capellanes y colaboradores en varias expediciones, además del Rvdo. Julian Lizardi.
La información más antigua del actual municipio de Villa Montes se encuentra en las crónicas del siglo XVIII escritas por misioneros de la orden franciscana, cuyo origen de sus actividades en la zona se remonta a mediados del año 1854, posteriormente en fecha 27 de mayo de 1861, solicitaron el amojonamiento y la otorgación de derechos sobre las tierras de esa Misión. La actividad ganadera de los pobladores locales prosperó lentamente a orillas del río Pilcomayo y en otras zonas que contaban con agua para el ganado, como en el pie de monte. Toda esta inmensa estructura misionera fue realizada con el sacrificio y gasto particular de los misioneros franciscanos de Tarija y de una manera especial por el P. Benvenuto Boccaccini, misionero de “San Francisco Solano”. El 27 de diciembre de 1905, la cruz y la espada entraron en conflicto y la espada liquidó la obra de la cruz consolidando la constitución de un nuevo pueblo en ese mismo lugar, precisamente en predios de la Misión de San Francisco Solano.
En el año 1906, el Gobierno del Dr. Ismael Montes concedió a la Compañía Alemana Staud, más de 400 lenguas de tierras fiscales en la margen izquierda del río Pilcomayo, con fines de colonización para desarrollar exclusivamente la agricultura y la ganadería aprovechando las aguas del río Pilcomayo para regar por gravedad más de 8000 hectáreas de tierras al margen izquierda.
Las misiones de Abapó, Salinas, Cabezas, Piraí y Azero cumplieron un rol decisivo en el avance colonizador hacia el corazón de la Chiriguania, en un lento desplazamiento hacia el Sudeste de la frontera que separaba a dos pueblos conquistadores: los Ava-guaraní y los karai, españoles y mestizos de la Audiencia de Charcas, enfrentados durante siglos. En la Chiriguania cristianizada vivían en 1779 alrededor de 17.000 indígenas en estas misiones a cargo de la orden franciscana, según cómputo demográfico de Comajuncosa, en vísperas de la emancipación republicana. Según refiere Lorenso Calzavarini en su libro “Nación Chiriguana: Grandeza y Ocaso”, tras la toma del poder por los criollos, los padres franciscanos tuvieron que abandonar las reducciones, llegando así el fin de la influencia de Iglesia en la región. Los religiosos fueron expulsados entre 1813 y 1815 por las fuerzas de Ignacio Warnes, concluyendo con la huida de los franciscanos residentes del Colegio de Tarija, y así quedaron las reducciones indígenas sin misioneros. Se produjo entonces en el Chaco una diáspora de misioneros franciscanos, similar a la de las misiones jesuíticas chiquitanas.